A Constituição da República Democrática de Timor Leste é baseada na de Portugal. Ela garante a liberdade de consciência, religião e culto e consagra o princípio da separação entre a Igreja e o Estado. O preâmbulo da Constituição afirma a determinação do Estado “em combater todas as formas de tirania, opressão, domínio social, cultural ou religioso, e segregação, defendendo a independência nacional e respeitando e garantindo os direitos humanos e os direitos fundamentais dos cidadãos”.
O artigo 12.º (n.º 1) da Constituição estipula o seguinte: “O Estado reconhece e respeita as diferentes denominações religiosas, que são livres na sua organização e no exercício das suas actividades, a ocorrerem na devida observância da Constituição e da lei.” O n.º 2 do mesmo artigo acrescenta: “O Estado promove a cooperação com diferentes denominações religiosas que contribuem para o bem-estar do povo de Timor Leste.” O artigo 16.º (n.º 2) da Constituição proíbe a discriminação com base na religião. O Código Penal do país reflecte estas disposições constitucionais.
O Código Penal do país reflecte os princípios constitucionais acima referidos. Por exemplo, o artigo 124.º descreve como crimes contra a humanidade as acções de “perseguição, vistas como privação do exercício dos direitos fundamentais e contrárias à lei internacional contra um grupo ou uma entidade colectiva devido a política, raça, nacionalidade, etnia, cultura, religião, género ou qualquer outra razão universalmente reconhecida como inaceitável no âmbito da lei internacional”.
Apesar da separação entre o Estado e a religião, o Preâmbulo da Constituição afirma: "Na sua perspectiva cultural e humana, a Igreja Católica em Timor Leste sempre foi capaz de assumir com dignidade o sofrimento de todas as pessoas, colocando-se do seu lado na defesa dos seus direitos mais elementares". De acordo com o artigo 11.º (n.º 2): "O Estado reconhece e valoriza a participação da Igreja Católica no processo de libertação nacional de Timor Leste".
Os líderes religiosos católicos, protestantes e muçulmanos do país são conhecidos por cooperarem e promoverem relações pacíficas e construtivas entre as suas comunidades religiosas.
A pequena comunidade muçulmana que permanece em Timor Leste após a retirada da Indonésia tem vindo a decair de forma constante nos últimos anos. Como a maioria dos Muçulmanos eram migrantes indonésios reinstalados em Timor Leste pelo Governo indonésio durante a sua ocupação do país, partiram quando o país conquistou a independência.
O acordo assinado a 14 de Agosto de 2015 entre Timor Leste e a Santa Sé está a ser gradualmente implementado. Nessa ocasião, o Cardeal Pietro Parolin, secretário de Estado da Santa Sé, deslocou-se a Timor Leste para assinalar o 500.º aniversário da presença da Igreja Católica no país. Ele disse que o acordo procura reforçar "a colaboração mútua para o desenvolvimento integral do povo na justiça, na paz e no bem comum". Na prática, o acordo salvaguarda a liberdade da Igreja de prestar os seus serviços, incluindo assistência espiritual em prisões, hospitais ou orfanatos, gerir instituições de caridade e organizar actividades educacionais. Pelo seu lado, o Estado atribui subsídios à Igreja Católica.
Em geral, as violações da liberdade religiosa são raras e menores em Timor Leste. Durante o período em análise, não houve relatos de incidentes ou desenvolvimentos significativos directamente relacionados com a liberdade religiosa.
Contudo, o país continua a ser um Estado jovem com instituições legais e políticas relativamente pouco desenvolvidas. Tem uma grande proporção de jovens e, tendo alcançado a independência apenas em 2002, permanece frágil.
A 26 de Janeiro de 2018, o presidente Francisco Guterres dissolveu o Parlamento após os partidos da oposição terem rejeitado o orçamento. Em Junho de 2018, o antigo presidente Taur Matan Ruak foi nomeado primeiro-ministro, através de uma transferência pacífica de poder, demonstrando o empenho dos partidos políticos em respeitar a decisão dos eleitores.
Apesar dos conflitos políticos significativos, em parte devido à controvérsia sobre um potencial projecto de petróleo e gás, e aos desafios da COVID-19, Ruak continua a ser primeiro-ministro no final de 2020 e é considerado um dos mais importantes aliados da Igreja Católica no país.
Algumas pessoas estão também preocupadas que esteja em declínio a capacidade da Igreja para servir como agente de reforma moral e política. Para um activista leigo da Legião de Maria e dos Carismáticos Católicos: "Somos uma Igreja Católica em Timor Leste apenas no nome. As queixas de sacerdotes de todas as dioceses do país são que os Católicos vivem mais das formalidades católicas, mas não do comportamento católico. Este Governo tem muitos funcionários corruptos, seja no poder legislativo, executivo ou judicial. Mesmo na polícia e no exército, a corrupção é desenfreada".
Não há nada que sugira que a situação da liberdade religiosa em Timor Leste irá mudar num futuro próximo. As perspectivas são estáveis.