A Constituição da Lituânia garante a liberdade de pensamento, consciência e religião, que inclui o direito de escolher, professar e praticar uma religião, de expressar as suas crenças e de pertencer ou não a uma comunidade religiosa (artigo 26.º). A lei protege especificamente o direito de uma pessoa a ensinar, "professar e difundir a sua religião ou crença" e este direito só pode ser limitado quando necessário para "garantir a segurança da sociedade, a ordem pública, a saúde e a moral do povo, bem como outros direitos e liberdades básicas da pessoa" (artigo 26.º). Todos são iguais perante a lei e a ninguém pode "ser concedido qualquer privilégio em razão do sexo, raça, nacionalidade, língua, origem, estatuto social, crença, convicções ou opiniões" (artigo 29.º).
A liberdade de expressão é garantida e só pode ser limitada para proteger a "saúde, honra e dignidade, vida privada e moral de um ser humano, ou para defender a ordem constitucional" (artigo 25.º). A incitação ao "ódio, violência e discriminação nacional, racial, religioso ou social" é ilegal (artigo 25.º).
O artigo 4.º da Lei das Comunidades e Organizações Religiosas de 1995 define grupos religiosos como (1) comunidades religiosas, (2) associações religiosas constituídas por, pelo menos, duas comunidades religiosas sob uma liderança comum, e (3) centros religiosos que são órgãos que gerem associações religiosas.
O artigo 5.º da lei reconhece nove comunidades e associações religiosas tradicionais que fazem parte da "herança histórica, espiritual e social" da Lituânia, nomeadamente: Igreja Católica Romana, Igreja Católica Grega, Igreja Evangélica Luterana, Igreja Evangélica Reformada, Igreja Ortodoxa Russa, Antigos Crentes, Comunidade Judaica, Comunidade Muçulmana Sunita e Comunidade Karaite. Os grupos religiosos tradicionais não precisam de se registar junto das autoridades. Podem realizar casamentos reconhecidos pelo Estado, criar escolas públicas/privadas conjuntas (artigo 14.º), disponibilizar educação religiosa em escolas públicas (artigo 9.º) e beneficiar de fundos públicos anualmente (artigo 7.º).
De acordo com o artigo 6.º da Lei das Comunidades e Organizações Religiosas, as outras associações religiosas (não tradicionais) podem pedir o estatuto de organização reconhecida ao Ministério da Justiça caso se tenham registado oficialmente no país há pelo menos 25 anos. O Parlamento lituano (Seimas) vota depois a concessão deste estatuto perante recomendação do Ministério da Justiça (artigo 6.º). A União Baptista Evangélica da Lituânia, a Igreja Adventista do Sétimo Dia e a União Cristã de Crença Pentecostal Evangélica são os únicos grupos religiosos não tradicionais reconhecidos pelo Estado.
Os grupos religiosos precisam de se registar se quiserem abrir uma conta bancária, ser proprietários de imóveis e actuar legalmente enquanto comunidade. Todos os grupos religiosos registados podem ser proprietários legais e usar essas propriedades para vários fins, como por exemplo casas de oração, podendo também solicitar autorizações de construção para construir as instalações de que necessitam para as suas actividades religiosas.
Em Junho de 2019, o Parlamento lituano recusou-se a reconhecer a Romuva, uma comunidade religiosa "neopagã do Báltico", apesar de uma recomendação favorável do Ministério da Justiça. Nos termos da lei, o grupo terá agora de esperar uma década antes de requerer de novo o reconhecimento. A comunidade disse que recorrerá ao Tribunal Europeu dos Direitos do Homem. O pedido de reconhecimento da Igreja Metodista Unida tem estado pendente, sem que o Parlamento o tenha considerado há mais de 15 anos.
Aqueles que são objectores de consciência ao serviço militar obrigatório podem prestar serviço/emprego alternativo.
Em 2011 foi criado por lei um fundo de restituição para bens comunitários de propriedade judaica apreendidos pelos regimes soviético e nazi. O Governo comprometeu-se a pagar cerca de 37 milhões de euros até 2023 à Good Will Foundation, uma ONG liderada por líderes judeus lituanos e internacionais. Os fundos são utilizados para projectos "que lidam com objectivos religiosos, culturais, de saúde, desportivos, educativos e científicos realizados por judeus lituanos na Lituânia".
A Lituânia criou também o Gabinete do Provedor da Igualdade de Oportunidades para investigar queixas de discriminação com base, entre outros, em crenças, convicções ou opiniões, e religião. Em 2018, o gabinete recebeu 34 pedidos de inquérito ou queixas sobre discriminação com base na religião, crença, convicções e opiniões. Em 2019, foram realizadas 16 investigações, 19 inquéritos e 51 consultas (39 com base em "crenças ou pontos de vista").
Em Setembro de 2018, o Papa Francisco visitou a Lituânia no âmbito de uma digressão pelo Báltico. Reuniu-se com as autoridades e prestou homenagem às vítimas das ocupações soviéticas e nazis. Num discurso público, o pontífice encorajou os Lituanos a continuarem a "acolher as diferenças" para se tornarem "uma ponte entre a Europa Oriental e Ocidental".
Em Outubro de 2018, um cemitério foi vandalizado com graffiti anti-cristãos.
Em Janeiro de 2019, durante uma visita a Israel, o primeiro-ministro lituano Saulius Skvernelis apelou à "tolerância zero" contra "qualquer forma de anti-semitismo".
A 10 de Maio de 2019, o Comité das Nações Unidas para a Eliminação da Discriminação Racial publicou as suas observações finais sobre os 9.º e 10.º relatórios periódicos combinados sobre a Lituânia. O comité considerou que havia "falta de políticas dirigidas contra o discurso de ódio e o incitamento ao ódio" e "um baixo nível de denúncia do discurso de ódio e dos crimes de ódio".
A comunidade judaica lituana manifestou preocupação quanto à participação neonazi nas celebrações do Dia da Independência da Lituânia (11 de Março) em 2018 e 2019. Após a remoção de uma placa comemorativa de um colaborador nazi, a comunidade judaica recebeu ameaças e a sinagoga de Vilnius foi encerrada durante alguns dias em Agosto de 2019 devido a preocupações com segurança.
A Fundação para a Investigação Política, Económica e Social (SETA) relatou que, apesar da retórica anti-muçulmana online, sobretudo em sites de extrema-direita, "os casos islamofóbicos são bastante raros na Lituânia". Em Setembro de 2019, o provedor de Justiça no Seimas (Parlamento) relatou que não era oferecida uma alternativa aos pratos de carne de porco aos imigrantes muçulmanos alojados num centro de registo de imigrantes em Pabradė.
Em Outubro de 2019, uma suspeita de bomba e uma suástica pintada com spray foram descobertas em frente de uma residência em Vilnius. Cinco outros incidentes de vandalismo anti-semita foram relatados por volta do mesmo período, incluindo um incidente em Novembro de 2019 em que três adolescentes foram considerados suspeitos de pintar a saudação "Heil Hitler" numa placa na sinagoga de Kaunas. Os mesmos jovens eram suspeitos de partirem janelas na mesquita de Kaunas.
As restrições aos encontros religiosos públicos devido à pandemia do coronavírus em 2020 resultaram na suspensão dos serviços religiosos, inclusive durante o Ramadão, a Páscoa e a Páscoa Judaica. A abordagem da Lituânia foi classificada como "elevada" (por comparação com "muito elevada", "moderada" ou "baixa") porque os encontros religiosos públicos foram suspensos, mas os locais de culto permaneceram abertos para orações privadas.
Parece não ter havido significativas restrições governamentais novas ou acrescidas à liberdade religiosa na Lituânia durante o período em análise. Apesar do anti-semitismo persistente e dos comentários antimuçulmanos online, a situação social global permanece estável para as várias comunidades religiosas da Lituânia.
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