A República da Guiné-Bissau é um país de grande diversidade religiosa e étnica. De acordo com o artigo 1.º da Constituição, a Guiné-Bissau é uma “república soberana, democrática, laica e unitária”. O artigo 4.º (secção 4) e o artigo 45.º (secção 3), respectivamente, proíbem os partidos políticos e sindicatos de se identificarem com qualquer Igreja, religião, culto ou doutrina religiosa. Embora o texto constitucional afirme que a liberdade de religião e consciência são invioláveis, o artigo 30.º (secção2) permite ao Estado suspender ou limitar "direitos, liberdades e garantias fundamentais" em caso de estado de emergência. O artigo 24.º estabelece claramente que todos os cidadãos são iguais perante a lei, com os mesmos direitos e deveres, sem distinções de qualquer tipo (incluindo a religião). Os grupos religiosos são obrigados a obter uma licença do Ministério da Justiça para poderem receber isenções fiscais.
Nesta antiga colónia portuguesa, a Igreja e o Estado estão separados. Embora os grupos religiosos possam ensinar a sua fé e alguns tenham escolas privadas, a instrução religiosa não é permitida nas escolas públicas. Apesar da instabilidade política e da pobreza generalizada, as tensões religiosas têm sido mínimas há décadas.
Não tem havido desenvolvimentos significativos no que diz respeito à liberdade religiosa durante o período deste relatório, mas a tensão está a crescer. Alguns grupos terroristas jihadistas têm-se envolvido cada vez mais em actividades ilegais. A 4 de Setembro de 2019, a polícia local apreendeu mais de 1,8 toneladas de cocaína supostamente contrabandeada pela Al-Qaeda. A África Ocidental é alvo de uma presença crescente de grupos terroristas islâmicos. Consequentemente, a Conferência Episcopal Regional da África Ocidental de Língua Francesa, que inclui os bispos da Guiné-Bissau, emitiu uma mensagem pastoral conjunta a 22 de Maio de 2019. Nesta mensagem, os bispos denunciaram a "inquietante onda de violência” enfrentada pela região e pelas comunidades cristãs locais e apelaram a que todos os líderes religiosos "se levantem juntos para denunciar qualquer instrumentalização da religião".
Politicamente, o país tem enfrentado uma grande crise desde que o presidente José Mário Vaz demitiu o primeiro-ministro Domingos Simões Pereira em 2015, deixando o país dividido. A 24 de Novembro de 2019 realizaram-se eleições presidenciais. O Bispo de Bafatá, Pedro Carlos Zilli, apelou a que o Governo e os grupos da oposição se empenhem no diálogo. O Bispo de Bissau, Camnate Na Bissign, disse que os Guineenses merecem paz, estabilidade e segurança. Um antigo primeiro-ministro, Umaro Sissoco Embaló, do partido Madem G15, venceu a segunda volta das eleições presidenciais após uma eleição controversa. O novo presidente foi aceite em finais de Fevereiro de 2020. Embaló é muçulmano e é casado com uma mulher cristã.
A justiça civil e os direitos fundamentais são afectados numa atmosfera como a que se observa actualmente na Guiné-Bissau. E também a liberdade religiosa fica em risco. É pouco provável que o novo Governo traga estabilidade a um país que tem sido politicamente instável desde a sua independência. De acordo com o Gabinete das Nações Unidas sobre Drogas e Crime (UNODC), a Guiné-Bissau não dispõe de recursos para combater a crescente ameaça do terrorismo e do crime organizado e é de esperar que estas ameaças venham a aumentar. Os grupos terroristas e criminosos jihadistas aproveitaram a instabilidade política e a fragilidade do Estado para entrar e sair facilmente do país. Alguns relatórios apontam para ligações entre grupos militantes locais e regionais. Como disse um alto funcionário dos serviços locais de informações: "Devido à sua fragilidade [política], é fácil estes grupos infiltrarem-se [na Guiné-Bissau]. As pessoas podem passar despercebidas durante muito tempo." Até ao momento, os grupos terroristas jihadistas têm utilizado o país apenas para fins logísticos e financeiros, enquanto os traficantes de droga o utilizam para carregamentos transnacionais. Mas até agora não tem havido relatos de violência ou intimidação contra comunidades não muçulmanas. Resta saber se a crescente presença radical islamista irá mudar essa situação.
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