A actual Constituição das Filipinas, promulgada em 1987, garante o livre exercício da religião e prevê a separação entre a Igreja e o Estado. A secção 5 do artigo 3.º ("Declaração de Direitos") afirma: "Nenhuma lei será feita em relação ao estabelecimento de uma religião ou à proibição do seu exercício. O exercício livre e o gozo da profissão e do culto religioso, sem discriminação ou preferência, será permitido para sempre." O preâmbulo especifica que a Constituição é promulgada pelo "povo Filipino soberano", que assim "implora a ajuda de Deus Todo-Poderoso".
Após a Espanha ter cedido as Filipinas aos Estados Unidos em 1898, muitas ideias e práticas culturais americanas foram também adoptadas, incluindo a separação entre Igreja e Estado ao estilo americano. De acordo com a secção 6 do artigo 2.º ("Declaração de Princípios e Políticas Estatais"), "A separação entre a Igreja e o Estado é inviolável".
Segundo a Constituição filipina, os grupos religiosos são obrigados a registar-se a fim de obterem o estatuto de isenção fiscal. Às instituições envolvidas em actividades "religiosas, caritativas ou educativas" ao abrigo do artigo 6.º (secção 28) é atribuído este estatuto. Mais especificamente, podem ser "instituições caritativas, igrejas e presbitérios ou conventos a elas associados, mesquitas, cemitérios sem fins lucrativos e todas as terras" por eles exclusivamente utilizadas.
O Cristianismo tem exercido uma influência significativa na cultura das Filipinas desde o ano de 1500, quando os Espanhóis iniciaram a sua colonização do arquipélago. Apesar da separação constitucional entre Igreja e Estado, a Igreja Católica mantém uma posição influente na política nacional. Por exemplo, há muito que a Igreja Católica tem moldado o sistema educativo do país. Um reflexo da sua influência é que o Governo permite o ensino religioso com o consentimento escrito dos pais ou tutores de um aluno num ambiente de escola pública. A secção 3 do artigo 14.º declara: "À opção expressa por escrito pelos pais ou tutores, será permitido o ensino da religião aos seus filhos ou crianças à sua guarda nas escolas primárias e secundárias públicas dentro do horário normal de aulas".
Apesar de ser um país predominantemente cristão, as Filipinas têm uma pequena mas significativa minoria muçulmana, particularmente concentrada na grande ilha meridional de Mindanau. A maioria dos Muçulmanos em Mindanau são sunitas, enquanto uma minoria mais pequena de xiitas vive nas províncias de Lanao Del Sur, no centro de Mindanau, e Zamboanga Del Sur, no extremo oeste da ilha. A integração da minoria muçulmana continua a ser uma questão importante e não resolvida na política nacional. Em Mindanau, os seguidores do Islamismo, que eram referidos como moros (mouros) pelos Espanhóis, constituem a maioria. Apesar da promessa do artigo 10.º (n.º 1) da Constituição de estabelecer "Mindanau muçulmano" como uma "região autónoma", o violento conflito entre o Governo filipino e os insurgentes muçulmanos moros está em curso desde 1969.
Na sequência dos acordos de paz assinados entre o Governo das Filipinas e a Frente Moro de Libertação Islâmica (MILF) em 2018, o presidente Duterte assinou a proposta de Lei Orgânica de Bangsamoro (BOL). Ratificada em 2019, a BOL aboliu formalmente a Região Autónoma de Mindanau muçulmana. A nova lei proporcionou à população maioritária muçulmana da região uma maior autonomia e uma área um pouco maior. Segundo o presidente Duterte, "a ratificação bem-sucedida desta lei orgânica permitir-nos-á criar um ambiente propício à coexistência pacífica entre os muçulmanos, cristãos... e todas as tribos... que considerarão Mindanau como a sua casa". No entanto, apesar destes esforços de paz, a violência tem continuado em toda a Mindanau, enquanto grupos terroristas excluídos das negociações governamentais se envolvem em ataques generalizados que sujeitam as comunidades religiosas minoritárias a uma horrível violência e a deslocações.
O Governo reconhece e autoriza os tribunais de sharia a actuarem em Mindanau. De acordo com o decreto presidencial n.º 1083, o Código das Leis Pessoais Muçulmanas das Filipinas, um membro da Ordem dos Advogados Sharia das Filipinas pode ser nomeado como juiz de circuito sharia a partir de uma lista restrita de nomeados apresentada ao presidente pelo Conselho da Ordem dos Advogados Judiciais. Para que os muçulmanos residentes noutras áreas do país prossigam uma acção num tribunal de sharia, devem viajar para os distritos de Mindanau com tribunais de sharia reconhecidos. Os tribunais de sharia têm autoridade apenas em matérias de direito consuetudinário muçulmano e direito pessoal. A sua jurisdição é restrita aos muçulmanos e não têm autoridade sobre questões de direito penal. Além disso, actuam sob a supervisão administrativa do Supremo Tribunal das Filipinas. Com a ratificação da Lei Orgânica de Bangsamoro, foi estabelecido um Supremo Tribunal de Sharia com jurisdição sobre a população muçulmana da região.
O Código Penal revisto, em vigor desde a década de 30, criminaliza certos actos cometidos no contexto do culto religioso. O artigo 133.º proíbe qualquer pessoa de realizar "actos notoriamente ofensivos aos sentimentos dos fiéis" num local de culto religioso ou "durante a celebração de qualquer cerimónia religiosa". O artigo 132.º criminaliza a prevenção ou perturbação de um serviço religioso por uma autoridade do Estado.
Em 2019 morreu Carlos Celdran, o primeiro e único filipino a ser condenado ao abrigo do artigo 133.º. Com isto o seu caso chegou ao fim. Em 2010, Celdran, um artista e guia turístico, entrou numa cerimónia religiosa na Catedral Católica de Manila e ergueu uma placa com a palavra "Damaso", uma referência a uma personagem vil no famoso romance filipino Noli Me Tangere. O Pe. Damaso era um sacerdote que personificava as hipocrisias da Igreja durante o domínio colonial espanhol. Na altura, a intenção de Celdran era condenar a oposição da hierarquia da Igreja Católica a uma lei de saúde reprodutiva destinada a expandir o acesso à contracepção artificial. Celdran foi julgado e condenado, mas acabou por pedir desculpa à Arquidiocese de Manila (que disse tê-lo "perdoado"), mas teve de esperar oito anos por uma decisão final no seu caso. Em Agosto de 2018, o Supremo Tribunal rejeitou o seu recurso e manteve uma pena mínima de três meses e uma pena máxima de um ano. Celdran deixou as Filipinas antes que um mandado de captura pudesse ser cumprido, entrou em auto-exílio em Espanha e aí morreu de ataque cardíaco em Outubro de 2019.
Após a morte de Carlos Celdran, foi apresentado na Câmara dos Representantes das Filipinas o projecto de lei n.º 5170, a fim de revogar o artigo 133.º. Caso fosse aprovado, todos os processos penais pendentes e processos civis relacionados com violações do artigo 133.º seriam rejeitados. No entanto, a medida parece enfrentar uma oposição considerável e é pouco provável que venha a ser promulgada num futuro próximo.
Membros do grupo rebelde extremista islâmico Abu Sayyaf, que alega fidelidade ao Daesh, desempenharam um papel num atentado suicida que atingiu um serviço religioso na Catedral Nossa Senhora do Carmo, em Jolo, província de Sulu, em Janeiro de 2019. Pelo menos 22 pessoas foram mortas e mais de 100 ficaram feridas. O presidente da Frente Moro de Libertação Islâmica e os líderes cristãos locais condenaram o atentado bombista contra a catedral de Jolo.
Em Agosto de 2019, um pastor protestante da Igreja Unida de Cristo nas Filipinas, conhecido pelo seu trabalho na promoção dos direitos humanos, foi abatido a tiro. Embora os motivos subjacentes ao assassinato do pastor não tenham sido estabelecidos, o Fórum Ecuménico dos Bispos referiu que os ataques violentos contra os defensores cristãos dos direitos humanos "aumentaram de forma alarmante nos três anos do Governo do presidente Duterte".
Vários líderes católicos e protestantes criticaram fortemente a administração de Duterte, especialmente no que diz respeito à guerra do presidente contra a droga e à sua reintegração da pena de morte. De facto, a Igreja Católica em particular desafiou abertamente a "direcção" da guerra da droga de Duterte, que visa abertamente "na sua maioria pessoas pobres [...] brutalmente assassinadas sob a mera suspeita de ser um pequeno consumidor e vendedor de drogas, enquanto os grandes contrabandistas e os senhores da droga ficam impunes". Muitas das mortes relacionadas com a droga que ocorreram sob a administração do presidente envolvem os filipinos mais pobres.
Apesar da assistência que as Igrejas cristãs têm prestado para ajudar antigos consumidores de drogas e vítimas das mortes a levarem uma nova vida, os líderes da Igreja lamentam que enfrentem por vezes abusos virulentos por parte do actual Governo filipino e do próprio presidente Duterte.
Duterte foi antagonista da Igreja Católica mesmo antes da sua eleição a 9 de Maio de 2016. No início de Maio de 2016 disse que a Igreja Católica era "a instituição mais hipócrita". Nesse mesmo ano, quando a campanha anti-droga estava a ganhar força e centenas de pessoas já tinham morrido, o presidente chamou "filhos da mãe" aos membros do clero católico romano por criticarem as suas acções nesta área.
O presidente Duterte também denunciou vários bispos pelo nome, utilizando linguagem gráfica e abusiva. Anteriormente tinha chamado "estúpido" a Deus e descrito as doutrinas da Igreja Católica como "tontas". Disse também que a Igreja não tem autoridade moral para o criticar e, em Fevereiro de 2019, previu que "o Catolicismo desaparecerá em 25 anos por causa dos alegados abusos do clero". Ainda assim, Duterte continua a ser muito popular, com uma taxa de aprovação de 91% entre os Filipinos, em Outubro de 2020.
Em Janeiro de 2020, a polícia prendeu dois militantes de Abu Sayyaf encarregados de realizar um atentado bombista numa catedral católica na província de Basilan.
No mesmo mês, na cidade de Davao, Mindanau, um abrigo gerido pela Igreja para pessoas de tribos deslocadas foi cercado por homens que empunhavam facas e que mais tarde derrubaram um muro e ocuparam as instalações. O Conselho de Bispos da Igreja Unida de Cristo das Filipinas exigiu um pedido de desculpas público e uma declaração completa dos membros do grupo paramilitar responsável pelo incidente. A polícia que se encontrava nas proximidades não tomou qualquer medida.
Em Fevereiro de 2020, o Conselho Anti-Lavagem de Dinheiro do Governo filipino congelou as contas bancárias de certas organizações da Igreja por alegado "financiamento do terrorismo". A organização missionária cujas contas bancárias foram afectadas emitiu uma declaração a dizer que tal acção "apenas está a privar os pobres nas zonas rurais da ajuda e dos serviços que merecem e que o Governo se recusa a prestar". O grupo acrescentou que foram acusados no passado de serem uma frente comunista e terrorista, lamentando que os seus membros tenham sido assediados e ameaçados como consequência dessas acusações.
Também em Fevereiro de 2020, um tribunal de Manila emitiu mandados de captura de dois sacerdotes católicos, um antigo senador e oito pessoas por conspiração para cometerem sedição. Os dois sacerdotes negaram as acusações. O Departamento de Justiça concluiu que uma queixa semelhante contra quatro bispos não apresentava provas. Os dois sacerdotes, Pe. Flaviano Villanueva, svd, e Pe. Albert Alejo, sj, compareceram no tribunal em Outubro de 2020 para se declararem formalmente "inocentes".
Em Julho de 2020, foi aprovada uma lei anti-terrorismo defendida pelo presidente Duterte. Esta lei autoriza o presidente a prender suspeitos sem acusação. Embora se destinasse a prevenir o "terrorismo", muitos activistas dos direitos humanos estão preocupados com o facto de o Governo poder utilizar a lei para desencorajar o activismo, criminalizando a defesa dos direitos humanos básicos.
A lei confere às forças de segurança plenos poderes – quase sem aprovação ou supervisão judicial – para perseguir suspeitos, realizar até 90 dias de vigilância e escutas telefónicas, e deter suspeitos até 24 dias. A Conferência Episcopal Católica das Filipinas publicou uma carta escrita pelo Bispo Broderick Pabillo a denunciar veementemente a medida anti-terrorismo. Considerando as críticas contra a administração por grupos cristãos, existe um perigo real e iminente de que o Governo possa usar a nova lei para atingir os líderes cristãos que têm sido críticos em relação ao presidente Duterte e às suas políticas.
Em finais de Julho de 2020, pouco depois da aprovação da lei anti-terrorismo, o Bispo Gerardo Alminaza referiu que "no meio de uma crise de saúde global, continuam as mortes injustas em todo o país. Nós, infelizmente, temos de admitir que é improvável que o nosso Governo use o seu poder para o impedir, porque desde o início da administração Duterte, [estas mortes] são oficialmente endossadas". O prelado também criticou a prática da administração de "marcação vermelha", ou seja, rotular as organizações de direitos humanos e justiça social como frentes comunistas, o que por sua vez levou a prisão sem mandado, detenções, torturas, desaparecimentos forçados e execuções extrajudiciais. Além disso, o Bispo constata que "a guerra contra a droga se infiltrou numa guerra contra os direitos, derramando sangue entre o nosso rebanho".
Durante uma Missa dominical em Julho de 2020, o pároco da Paróquia de San Isidro Labrador apanhou polícias fardados a fotografá-lo. As autoridades locais afirmaram que estavam a realizar inspecções de rotina para se certificarem de que a paróquia estava a seguir as restrições da COVID-19 relativas aos encontros. Contudo, o incidente deixou o clérigo a temer pela sua segurança devido a anteriores ameaças de morte que recebeu depois de se pronunciar contra a guerra de Duterte contra a droga.
Em Agosto de 2020, Jolo testemunhou ataques terroristas simultâneos por parte das mulheres dos jihadistas mortos. Pelo menos sete soldados, seis civis e um polícia foram mortos, enquanto 80 pessoas foram feridas.
Em Outubro de 2020, as autoridades capturaram uma mulher indonésia e duas mulheres filipinas que se crê serem casadas com militantes de Abu Sayyaf. Encontradas com coletes suicidas, eram suspeitas de conspirar um ataque suicida em Jolo. As autoridades acreditam que os indivíduos detidos podem estar ligados aos responsáveis pelo ataque à catedral de Jolo, em Janeiro de 2019.
Apesar das críticas do Governo, a Igreja Católica tem recebido elogios generalizados pelos seus esforços e recolha de fundos para ajudar os necessitados durante a pandemia da COVID-19. Muitas fundações e grupos de caridade da Igreja lançaram campanhas nacionais para ajudar a amortecer os efeitos da COVID-19 e têm-se coordenado eficazmente com as autoridades governamentais locais para prestar auxílio.
Apesar das salvaguardas constitucionais para a liberdade religiosa e da separação entre Igreja e Estado, o sistema de justiça criminal ao abrigo do artigo 133.º tem o potencial de proteger certos titulares de cargos, instituições, práticas, ideias e pontos de vista das críticas e debates públicos sobre assuntos religiosos. Com o domínio demográfico e cultural do Catolicismo nas Filipinas, os grupos religiosos minoritários sentem-se vulneráveis ao assédio legal se expressarem opiniões que a maioria católica considere ofensivas.
O Governo do presidente Duterte tem apresentado vários desafios directamente relacionados com a liberdade religiosa. Embora a Constituição garanta a liberdade religiosa, os recentes desenvolvimentos e incidentes violentos apontam para uma trajectória problemática nos próximos anos.
A lei anti-terrorismo cria desafios significativos e abre caminho a potenciais abusos legais por parte de pessoas com autoridade, ou seja, a administração de Duterte, contra críticos do Governo, incluindo líderes da Igreja e defensores dos direitos humanos apoiados pela Igreja. As igrejas e organizações cristãs nas Filipinas criticaram veementemente esta e outras políticas semelhantes.
Os ataques verbais e legais abertos do presidente Duterte contra os líderes da Igreja continuam a constituir uma séria ameaça à liberdade religiosa, um elemento central da qual é a liberdade dos líderes religiosos e das comunidades de contribuírem para as deliberações públicas sobre o bem comum, particularmente na defesa dos mais vulneráveis.
Além disso, os Cristãos e outros grupos minoritários em Mindanau continuam a ser alvo de ataques violentos por parte de grupos extremistas. Apesar da ratificação e promulgação da Lei Orgânica de Bangsamoro em 2019, parece ser difícil uma solução verdadeiramente duradoura e abrangente para o extremismo islamista violento e para os conflitos em curso em Mindanau. Isto ameaça as perspectivas de plena liberdade religiosa e de coexistência pacífica na região no futuro.
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