Em 1997, quatro anos após a independência, a Assembleia Nacional da Eritreia aprovou a Constituição do país. O artigo 19.º (n.º 1) afirma: “Cada pessoa deve ter direito à liberdade de pensamento, consciência e crença.” Além disso, acrescenta-se: “Cada pessoa deve ter a liberdade de praticar qualquer religião e de manifestar a sua prática.” O artigo 19.º (n.º 4) acrescenta ainda: "Toda a pessoa tem a liberdade de praticar qualquer religião e de manifestar tal prática".
Contudo, a Constituição como tal nunca foi implementada e as autoridades governaram sempre por decreto. Num desses decretos, emitido em 1995, o Governo indicava que apenas quatro comunidades religiosas iam ser reconhecidas pelo Estado: a Igreja Ortodoxa Tewahedo da Eritreia, a Igreja Evangélica Luterana da Eritreia, a Igreja Católica e o Islamismo sunita. Outras religiões não são permitidas e são consideradas ilegais. Além disso, as religiões que são autorizadas a actuar fazem-no sob certas restrições.
Em geral, o Governo mantém um forte controlo sobre todas as Igrejas cristãs, com algumas excepções, e sobre a comunidade muçulmana. O partido no poder, a Frente Popular para a Democracia e a Justiça (PFDJ), nomeia os principais líderes da comunidade muçulmana e da Igreja Ortodoxa. O Governo também paga os salários dos altos funcionários da Igreja e controla os seus meios de transporte, incluindo as rações de combustível, bem como as suas actividades e recursos financeiros. Em contrapartida, a Igreja Católica e a Igreja Luterana têm mantido um certo grau de autonomia.
As quatro comunidades religiosas autorizadas do país ainda necessitam de autorização do Gabinete de Assuntos Religiosos para imprimir e distribuir literatura religiosa entre os seus fiéis. Os líderes religiosos e os meios de comunicação religiosos não estão autorizados a comentar questões políticas. Para assegurar o cumprimento, todos os anos o Gabinete dos Assuntos Religiosos reitera aos líderes da Igreja a disposição contida no decreto de 1995 no que diz respeito às organizações religiosas. Os líderes religiosos são obrigados a apresentar semestralmente ao Governo relatórios sobre as suas actividades. O Gabinete também proíbe as quatro religiões reconhecidas de aceitarem fundos provenientes do estrangeiro, o que restringe os recursos financeiros a fundos gerados localmente e em geral limita as actividades religiosas ao culto. O decreto estabelece ainda que, se as Igrejas desejarem dedicar-se a obras sociais, devem registar-se como ONG e conceder às autoridades a supervisão do seu financiamento do estrangeiro.
O procedimento de registo que as comunidades religiosas não reconhecidas têm de seguir é complexo e deixa a porta aberta ao assédio dos grupos afectados.
Devido às restrições governamentais, ao rigoroso controlo da comunicação social e a uma "sociedade extremamente secreta", é difícil encontrar informações fiáveis sobre a situação actual da liberdade religiosa na Eritreia. A falta de transparência do Governo e o medo de represálias para aqueles que testemunhariam torna igualmente difícil saber quantas pessoas foram presas por causa da sua fé. Aqueles que parecem sofrer mais, contudo, são membros dos grupos religiosos não reconhecidos – a maioria pertencente às comunidades pentecostal ou evangélica, embora também se saiba que os Muçulmanos sofrem detenções e abusos – que relataram casos de detenção e morte na prisão devido a maus-tratos. Os observadores dos direitos humanos calculam que em 2018 cerca de 345 líderes religiosos foram presos sem acusação ou julgamento e o número de fiéis leigos presos está estimado entre 800 e 2.000. Na prisão, é proibido "rezar em voz alta, cantar, pregar e possuir livros religiosos".
A maioria dos locais de culto não filiados nas quatro religiões oficialmente registadas permaneceu fechada, apesar de alguns grupos ortodoxos e judeus gregos não registados continuarem a utilizar vários edifícios religiosos existentes em Asmara.
Os cristãos foram detidos apenas por se terem reunido e participado em cerimónias. A polícia realizou rusgas em casas prendendo crentes de religiões não reconhecidas que estavam reunidos para rezar. A libertação da prisão está condicionada ao repúdio da própria fé. Em Março de 2018, 35 cristãos mantidos na prisão durante quatro anos foram libertados sob certas condições, nomeadamente que "deixassem de assistir a encontros ou cultos das suas Igrejas". A alguns foi dito que renunciassem à sua fé ou que se juntassem à Igreja Ortodoxa Eritreia. E que, se não o fizessem, seriam transferidos para um lugar com piores condições.
Cerca de 53 testemunhas de Jeová foram detidas depois de se recusarem a renunciar à sua fé ou a fazer o serviço militar. Um número não comunicado de muçulmanos também permaneceu detido depois de terem sido presos em protestos em Outubro de 2017 e Março de 2018, em Asmara. O Patriarca da Igreja Ortodoxa Eritreia, Abune Antonios, continuou em prisão domiciliária durante todo o ano de 2019, preso desde 2006 por protestar contra a interferência do Governo nos assuntos da Igreja.
Em Outubro de 2017, um estabelecimento educativo privado muçulmano, a Escola Secundária Islâmica al Diaa, foi encerrado pelas autoridades, provocando protestos sem precedentes na capital. O director, Haji Musa Mohammed Nur, juntamente com outros colegas, foi preso por se opor ao encerramento e morreu na prisão em Março de 2018. A escola foi mais tarde autorizada a reabrir.
No Verão de 2019, cerca de 150 cristãos foram presos por causa da sua fé, os primeiros 70 a 23 de Junho de 2019, em Keren. Além dos 150, muitos mais foram levados perante um juiz para renunciarem à sua fé, mais especificamente, para "renunciarem a Cristo".
Em Abril de 2020, 15 cristãos foram detidos durante um momento de oração numa casa privada na região de Asmara. Foram colocados na prisão de Mai Serwa, conhecida pelas suas condições desumanas. Em Junho de 2020, um grupo de 30 cristãos e não cristãos foi detido no casamento de um casal cristão.
Numa declaração de Abril de 2020, Daniela Kravetz, Relatora Especial da ONU para os Direitos Humanos na Eritreia, relatou que só em 2019 mais de 200 indivíduos foram encarcerados devido à sua fé.
Apesar de ser uma das quatro comunidades registadas, a Igreja Católica está também sob pressão e é frequentemente atacada. Em meados de Junho de 2019, os militares da Eritreia encerraram à força mais de 20 estabelecimentos de saúde católicos. De acordo com testemunhas locais, as autoridades destruíram janelas e portas e assediaram o pessoal e os pacientes. Uma irmã franciscana, directora de um hospital no norte da Eritreia, foi presa quando resistiu ao encerramento.
Em Setembro de 2019, as autoridades encerraram oito escolas, uma delas a conhecida Escola Católica Saint-Joseph, na cidade de Keren. No mesmo mês, a Conferência Episcopal Católica escreveu uma carta ao ministro da Educação, Semere Re'esom, protestando contra o encerramento de escolas católicas e referindo: "Se isto não é ódio contra a religião, o que é?”
As autoridades disseram que as escolas cristãs e muçulmanas foram encerradas devido às regras adoptadas em 1995 que limitaram as actividades das organizações religiosas. Os observadores sugerem que o encerramento de clínicas e escolas é uma consequência de o Governo procurar o controlo exclusivo do sector social.
Em Fevereiro de 2020, o Governo recusou a entrada no país a uma delegação da Igreja Católica da Etiópia.
Embora concedido o direito na Constituição, o Governo autoritário da Eritreia não permite a liberdade de crença religiosa e o país sofre um dos piores recordes de liberdade religiosa do mundo. As autoridades recusam à maioria dos Eritreus os seus direitos civis e políticos e, como consequência, milhares estão a tentar emigrar. Com a repressão e detenção arbitrária de membros de grupos religiosos não reconhecidos e as crescentes restrições a grupos autorizados, de que é exemplo o recente encerramento de escolas e centros de saúde católicos, a situação da liberdade religiosa é terrível e não parece susceptível de melhorar num futuro próximo.
Eritrea