A União das Comores adoptou uma nova Constituição a 6 de Agosto de 2018. O novo quadro legal afecta directamente a liberdade religiosa no país. Na Constituição de 2001, o Islamismo tinha sido reconhecido como uma fonte "para os princípios e normas que governavam a União". Na nova Constituição, o Islamismo tornou-se a religião estatal (artigo 97.º) e o Islamismo sunita é definido como base da identidade nacional (Preâmbulo). Para as minorias não sunitas, tais como os Xiitas, isto constitui uma deterioração significativa dos seus direitos. Como afirmou o especialista constitucional comoriano Mohamed Rafsandjani, segundo a nova Constituição "se não é sunita, não faz parte da comunidade nacional".
As Comores são um Estado federal e as ilhas que formam o arquipélago gozam de uma certa autonomia, tendo os seus próprios governos locais. O Governo federal exerce um controlo rigoroso sobre questões religiosas. Em 2018, o Ministério dos Assuntos Internos começou a trabalhar com o Conselho Nacional Mufti para melhorar o controlo sobre os imãs e pregadores, introduzindo uma "carteira profissional" de competência académica e religiosa. Este movimento parece destinar-se a prevenir o radicalismo religioso. O presidente tem o poder de nomear o grande mufti, o clérigo muçulmano sénior do país. Este é um funcionário governamental encarregado dos assuntos religiosos e administrativos. Todas as formas de proselitismo ou propaganda religiosa por outras religiões, que não o Islamismo Sunita, são proibidas. Os estrangeiros envolvidos nessas actividades podem ser deportados. Os Católicos representam menos de 0,5% da população e o país não tem dioceses.
Relativamente ao ensino público, a instrução religiosa não é obrigatória. No entanto, o Corão é utilizado nas escolas primárias públicas para ensinar árabe. Além disso, o Governo apoia financeiramente as escolas corânicas. Há também pressão e intimidação contínuas contra os convertidos locais ao Cristianismo, mas os estrangeiros não são afectados por esta ameaça. Em todo o lado sente-se pressão para que as pessoas se conformem aos regulamentos e costumes muçulmanos ortodoxos.
As alterações à Constituição, promovidas pelo presidente Azali Assoumani em 2018, afectaram igualmente a vida política do país e a distribuição de poder entre as ilhas. Antes da introdução das mudanças, a presidência das Comores era rotativa a cada cinco anos entre as ilhas. Juntamente com a eliminação da presidência rotativa, as reformas eliminaram o cargo de vice-presidente, aumentando assim os poderes do presidente, bem como do Tribunal Constitucional. Estas reformas foram alvo de considerável oposição no país.
Em 2019, a Direcção dos Assuntos Islâmicos proibiu as celebrações do Natal. A proibição proposta pela Direcção, que deveria entrar em vigor a 24 de Dezembro de 2019, estabelecia que o Governo "condenava e proibia qualquer celebração, cerimónia ou actividade ligada à festa do Natal em locais públicos, hotéis, clubes e casas". E apelava a "todas as agências de segurança e polícia (...) para que tomassem todas as medidas necessárias para impedir qualquer encontro para actividades cristãs". A interdição causou controvérsia significativa, especialmente a nível internacional. No dia seguinte à sua emissão, as autoridades comorianas divulgaram uma declaração de não aceitação da proibição, observando que esta não reflectia a posição do Governo. Foram celebradas Missas na véspera de Natal e no dia de Natal, sem que se tenham registado incidentes.
Mesmo que a proibição do Natal não tenha sido aplicada na prática, as minorias religiosas continuam a ver-lhes negada a liberdade de praticarem o culto. Como consequência, a 18 de Dezembro de 2019, o Governo dos Estados Unidos decidiu manter as Comores na sua Lista de Observação Especial para "governos que se envolveram ou toleraram 'graves violações da liberdade religiosa'".
Entretanto, nos últimos dois anos assistiu-se a uma crescente instabilidade política e social no país. As eleições presidenciais ocorreram a 24 de Março de 2019 e foram as primeiras desde a aprovação das alterações constitucionais um ano antes. O presidente em exercício, Azali Assoumani, foi reeleito. A oposição rejeitou os resultados, dizendo que a votação estava marcada por irregularidades, uma alegação que o Governo negou. Houve agitação social depois das eleições, com protestos em todo o país. Os confrontos violentos com as forças de segurança resultaram na morte de três adversários e em vários feridos.
Perante a situação, alguns governos mundiais actualizaram os seus conselhos de viagem relativos às Comores, exortando os seus cidadãos a usarem de extrema cautela ou a reconsiderarem as suas viagens ao país devido à agitação civil pós-eleitoral. No início de 2020, o partido do presidente, a Convenção para a Renovação das Comores (CRC), teve uma vitória esmagadora nas eleições legislativas, que foram boicotadas pela oposição com o argumento de que não existiam garantias de que as eleições seriam "livres, transparentes e democráticas". A comissão eleitoral calculou uma afluência às urnas de cerca de 61,5%, mas a oposição disse que a afluência não era superior a 10%.
Durante o Ramadão de 2020, as forças de segurança utilizaram gás lacrimogéneo contra pessoas que se tinham reunido nas mesquitas em violação de um bloqueio imposto pelas autoridades para conter o surto de coronavírus.
Não há liberdade religiosa nas Comores, excepto para os muçulmanos que seguem a doutrina sunita shafi'i, e não há indícios de quaisquer melhorias num futuro próximo. Os últimos desenvolvimentos legais apresentam um cenário de agravamento para as minorias religiosas, incluindo os muçulmanos xiitas. Como a Open Doors International relatou em 2018, espera-se que tais desenvolvimentos "tornem as coisas ainda mais difíceis", incluindo para a comunidade cristã. Segundo um especialista jurídico comoriano, as recentes alterações constitucionais poderiam ser utilizadas como base legal para justificar a discriminação e a perseguição. Além disso, a radicalização e o extremismo religioso parecem estar a aumentar no país.
Os factores sociais e políticos são uma importante fonte de instabilidade nas Comores e também aqui é pouco provável que a situação melhore num futuro próximo. A reforma constitucional de 2018 foi, para alguns, uma "mudança na natureza do regime". O frágil acordo de partilha de poder entre as ilhas, estabelecido aquando da criação da União, foi desmantelado. A eliminação da presidência rotativa e a concentração do poder no novo gabinete presidencial podem aumentar as tensões entre ilhas e a agitação social.
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