La Constitución de la República Democrática de Timor Oriental se ha elaborado siguiendo el modelo de la de Portugal. Garantiza la libertad de conciencia, religión y culto, y consagra el principio de separación entre la Iglesia y el Estado. En su preámbulo afirma la determinación del Estado «por luchar contra toda forma de tiranía, opresión, dominio y segregación social, cultural o religiosa; por defender la independencia nacional, respetar y garantizar los derechos humanos y los derechos fundamentales de los ciudadanos».
El artículo 12 (1) proclama que «el Estado reconocerá y respetará las diferentes confesiones religiosas, estas tendrán libertad para organizarse y ejercer sus actividades propias que se efectuarán con el debido respeto a la Constitución y la ley». Añade el artículo 12 (2): «El Estado fomentará la cooperación con las distintas confesiones que contribuyan al bienestar del pueblo de Timor Oriental». El artículo 16 (2) prohíbe la discriminación por motivos religiosos.
El Código Penal del país refleja estas disposiciones constitucionales. Por ejemplo, el artículo 124 considera delitos contra la humanidad una serie de acciones entre las que se incluye «la persecución —interpretada como la privación del ejercicio de los derechos fundamentales contraria a las leyes internacionales— contra un grupo o una entidad colectiva motivada por la política, la raza, la nacionalidad, la etnia, la cultura o la religión, el sexo o cualquier otra razón universalmente reconocida como inaceptable conforme a las leyes internacionales».
A pesar de la separación entre el Estado y la religión, el preámbulo de la Constitución establece: «En su perspectiva cultural y humana, la Iglesia católica de Timor Oriental siempre ha sido capaz de asumir el sufrimiento de todo el pueblo con dignidad, poniéndose de su lado en la defensa de sus derechos más fundamentales». Conforme al artículo 11 (2), «el Estado reconoce y valora la participación de la Iglesia católica en el proceso de liberación nacional de Timor Oriental».
Se reconoce que los líderes religiosos católicos, protestantes y musulmanes del país cooperan y promueven las relaciones tranquilas y constructivas entre sus comunidades religiosas.
El reducido número de musulmanes que permanecieron en el país tras la retirada de Indonesia ha ido disminuyendo progresivamente en los últimos años. La mayoría de los musulmanes eran inmigrantes indonesios reubicados en Timor Oriental por el Gobierno indonesio durante la ocupación del país y se marcharon en el momento en que el país obtuvo la independencia.
El concordato firmado el 14 de agosto de 2015 entre Timor Oriental y la Santa Sede se está implementando de forma gradual. En aquella ocasión, el Cardenal Pietro Parolin, secretario de Estado de la Santa Sede, viajó a Timor Oriental para celebrar el quinto centenario de la presencia de la Iglesia católica en el país. Afirmó que el concordato buscaba fortalecer «la mutua colaboración para el desarrollo integral de la población en la justicia, la paz y el bien común». En la práctica, el concordato protege la libertad de la Iglesia para proporcionar sus servicios, incluida la asistencia espiritual en prisiones, hospitales y orfanatos, o el trabajo en las obras de beneficencia, así como la organización de actividades educativas. Por su parte, el Estado concede subvenciones a la Iglesia católica.
Por lo general, en Timor Oriental las violaciones de la libertad religiosa son escasas y de poca importancia. Durante el período que se estudia en este informe no se han registrado incidentes significativos o acontecimientos relacionados directamente con la libertad religiosa.
Sin embargo, el país sigue siendo un Estado joven con unas instituciones legales y políticas poco desarrolladas. Cuenta con una gran proporción de gente joven y, habiendo logrado su independencia en 2002, sigue siendo frágil.
El 26 de enero de 2018, el presidente Francisco Guterres disolvió el Parlamento cuando los partidos de la oposición rechazaron el presupuesto. En junio de 2018, nombraron primer ministro al presidente anterior, Taur Matan Ruak, en un traspaso de poderes pacífico que manifestó el compromiso de respetar la decisión de los votantes por parte de los partidos políticos.
A pesar de la significativa lucha política, en parte a causa de la polémica sobre un posible proyecto de petróleo y gas y de los retos de la COVID-19, Ruak seguía siendo primer ministro a finales de 2020. Está considerado como uno de los aliados más importantes de la Iglesia católica.
Hay personas preocupadas porque está decayendo la capacidad de la Iglesia para servir como agente de las reformas morales y políticas. Según un activista laico de la Legión de María y del movimiento católico carismático, «en Timor Oriental somos Iglesia católica solo de nombre. Sacerdotes de todas las diócesis del país se quejan de que vivimos atendiendo más a los formalismos católicos que teniendo un comportamiento católico. Este Gobierno tiene gran cantidad de funcionarios corruptos, tanto en el poder legislativo como en el ejecutivo y en el judicial. La corrupción campa a sus anchas incluso en la policía y el ejército».
Nada indica que la situación de la libertad religiosa vaya a cambiar en Timor Oriental en un futuro próximo. Las perspectivas permanecen estables.