Guinea-Bisáu es un país con una gran diversidad étnica y religiosa. Según el artículo 1 de su Constitución, es una «república soberana, democrática, laica y unitaria». El artículo 4 (sección 4) y el artículo 45 (sección 3) prohíben que los partidos políticos y los sindicatos se identifiquen con una Iglesia, religión, culto o doctrina religiosa. Aunque el texto constitucional afirma que la libertad de religión y conciencia son inviolables, el artículo 30 (sección 2) permite al Estado suspender o limitar «derechos, libertades y garantías fundamentales» en caso de estado de emergencia. El artículo 24 establece con claridad que todos los ciudadanos son iguales ante la ley, con los mismos derechos y deberes, sin distinción de ningún tipo (incluida la religión). Los grupos religiosos tienen que contar con una licencia del Ministerio de Justicia para beneficiarse de la exención de algunos impuestos.
En esta antigua colonia portuguesa existe la separación entre Iglesia y Estado. Aunque los grupos religiosos pueden enseñar su fe, e incluso algunos de ellos cuentan con colegios privados, no está permitido impartir formación religiosa en la escuela pública. A pesar de la inestabilidad política y de la pobreza generalizada, las tensiones religiosas llevan décadas siendo mínimas.
Durante el período estudiado en este informe, no se han producido incidentes dignos de mención relacionados con la libertad religiosa, pero la tensión está aumentando. Últimamente una serie de grupos terroristas yihadistas se han ido involucrando cada vez más en actividades delictivas. El 4 de septiembre de 2019, la policía local se incautó de más de 1,8 toneladas de cocaína introducida de contrabando, al parecer, por Al Qaida. África Occidental sufre una presencia cada vez mayor de grupos terroristas islámicos. Por esto, la Conferencia Episcopal Regional del África Occidental Francófona, de la que forman parte los obispos de Guinea-Bisáu, publicó el 22 de mayo de 2019 un mensaje pastoral. En ese mensaje conjunto, los prelados denunciaban la «inquietante ola de violencia» a la que se enfrentan la zona y las comunidades cristianas locales y pedían a todos los líderes religiosos que «salieran juntos a denunciar cualquier instrumentalización de la religión».
Desde el punto de vista político, el país se ha enfrentado a la crisis más importante desde que el presidente José Mario Vaz despidiera al primer ministro Domingos Simoes Pereira en 2015, dividiendo así al país. El 24 de noviembre de 2019 se celebraron elecciones presidenciales. Pedro Carlos Zilli, obispo de Bafatá, instó al Gobierno y a los grupos de la oposición a iniciar un diálogo. Camnate Na Bissign, obispo de Bisáu, afirmó que los guineanos merecen la paz, la estabilidad y la seguridad. Un primer ministro anterior, Umaro Sissoco Embaló, del partido Madem G15, ganó las votaciones en segunda vuelta tras unas controvertidas elecciones. A finales de febrero de 2020 se aceptó al nuevo presidente. Embaló, musulmán, está casado con una mujer cristiana.
Tanto la justicia civil como los derechos fundamentales sufren en un ambiente como el que se observa actualmente en Guinea-Bisáu. La libertad religiosa también está amenazada. No es probable que el nuevo Gobierno traiga estabilidad a un país que es inestable desde su independencia. Según la Oficina de las Naciones Unidas contra la Droga y el Delito (UNODC), Guinea-Bisáu carece de los recursos necesarios para contrarrestar las amenazas del terrorismo y del crimen organizado ahora que han aumentado y parece que lo seguirán haciendo. El terrorismo yihadista y los grupos criminales han aprovechado la inestabilidad política y la debilidad del Estado para entrar y salir con facilidad del país. Hay informes que señalan la existencia de vínculos entre los grupos armados locales y regionales. En palabras de un alto funcionario de inteligencia del país, «debido a su fragilidad [política], es fácil entrar en Guinea-Bisáu. Se puede permanecer en el país durante mucho tiempo sin que nadie se percate de ello». Hasta ahora, los grupos terroristas yihadistas han estado utilizando el país exclusivamente para fines logísticos y económicos, y los traficantes de drogas lo utilizan para realizar envíos internacionales. A pesar de todo, de momento no se ha informado de que se hayan producido casos de violencia o intimidación contra comunidades no islámicas, aunque no se sabe si la creciente presencia islamista radical cambiará esto.
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