En 1997, cuatro años después de su independencia, la Asamblea Nacional de Eritrea aprobó la Constitución del país. El artículo 19 (1) establece que «toda persona tendrá derecho a la libertad de pensamiento, de conciencia y de creencia». El artículo 19 (4) añade además: «Toda persona tendrá libertad para practicar cualquier religión y para manifestar esta práctica».
No obstante, esta Constitución nunca ha llegado a entrar en vigor y las autoridades siempre han gobernado por medio de decretos. En uno de ellos, promulgado en 1995, el Gobierno indicaba que solo reconocería cuatro comunidades religiosas: la Iglesia ortodoxa Tewahedo de Eritrea, la Iglesia evangélica luterana de Eritrea, la Iglesia católica y el islam suní. No están permitidas otras religiones, que son consideradas ilegales. Además, las religiones reconocidas realizan sus actividades bajo una serie de restricciones.
Por lo general, el Gobierno mantiene un control estricto sobre todas las Iglesias cristianas, con algunas excepciones, y sobre la comunidad musulmana. El partido en el Gobierno, el Frente Popular por la Democracia y la Justicia, designa a los representantes más altos de la comunidad musulmana y de la Iglesia ortodoxa. Además, el Gobierno paga los salarios de sus jerarquías eclesiásticas y controla sus medios de transporte, incluida la gasolina que utilizan, además de sus actividades y recursos económicos. En cambio, las Iglesias católica y luterana han conservado cierto grado de autonomía.
Las cuatro comunidades religiosas autorizadas siguen necesitando licencia de la Oficina de Asuntos Religiosos para editar y distribuir textos religiosos entre sus fieles. Sus líderes y los medios de comunicación religiosos tienen prohibido comentar cuestiones políticas. Para garantizar el cumplimiento de esta prohibición, el Departamento de Asuntos Religiosos recuerda todos los años a los dirigentes eclesiásticos la disposición contenida en el decreto de 1995 sobre organizaciones religiosas. Se exige a los líderes religiosos que presenten al Gobierno informes sobre todas sus actividades cada seis meses. La Oficina de Asuntos religiosos también prohíbe a las cuatro religiones reconocidas aceptar financiación procedente del extranjero; esta prohibición limita los recursos económicos a los fondos que se generan a nivel local, lo que normalmente limita sus actividades exclusivamente al culto religioso. El decreto además establece que, si las Iglesias quieren desarrollar una labor social, tienen que registrarse como organizaciones no gubernamentales y aceptar que las autoridades supervisen la financiación que reciben de otros países.
El procedimiento de registro que deben seguir las comunidades religiosas no reconocidas es complejo y deja vía libre al hostigamiento contra dichos grupos.
Debido a las restricciones gubernamentales, al estricto control sobre los medios de comunicación y a una «sociedad extremadamente hermética», resulta difícil conseguir información fidedigna sobre la situación actual de la libertad religiosa en Eritrea. La falta de transparencia del Gobierno y el miedo a las represalias contra quienes testifiquen hace igualmente difícil saber cuántas personas están en prisión por causa de su fe. Sin embargo, quienes sufren más la situación son los miembros de los grupos religiosos no reconocidos (la mayoría de ellos pertenecen a comunidades pentecostales o evangélicas, aunque también se sabe que los musulmanes sufren detención y maltrato), que denunciaron casos de encarcelamientos y muertes bajo custodia a causa de los malos tratos. Los observadores de los derechos humanos calculan que en 2018 unos 345 dirigentes de Iglesias estaban en prisión sin cargos ni juicio y se estima que el número de laicos encarcelados podría estar entre los 800 y los 2000. En prisión está prohibido «rezar en voz alta, cantar, predicar y tener libros religiosos».
La mayor parte de los lugares de culto no afiliados a las cuatro religiones registradas han permanecido cerrados, aunque algunos grupos no registrados greco-ortodoxos y judíos han seguido utilizando una serie de edificios religiosos de Asmara.
A los cristianos se les ha detenido solo por reunirse y participar en ceremonias. La policía ha llevado a cabo redadas en viviendas y ha arrestado a los fieles de religiones no reconocidas que se habían reunido para rezar; la condición para salir de la cárcel es abjurar de la fe. En marzo de 2018, 35 cristianos que llevaban en prisión cuatro años fueron puestos en libertad bajo la condición de que «no volvieran a asistir a reuniones o servicios de culto de sus Iglesias». Se dice que a algunos les dijeron que renunciaran a su fe o se unieran a la Iglesia ortodoxa eritrea; si no lo hacían, se los trasladaría a un lugar con peores condiciones.
En este período, fueron detenidos 53 testigos de Jehová que se habían negado a renunciar a su fe y a prestar el servicio militar. A día de hoy, siguen detenidos un número sin especificar de musulmanes arrestados en unas manifestaciones que se realizaron en octubre de 2017 y marzo de 2018 en Asmara. El patriarca de la Iglesia ortodoxa eritrea, Abune Antonios, lleva bajo arresto domiciliario desde 2019, después de haber sido encarcelado en 2006 por protestar por las injerencias del Gobierno en los asuntos de la Iglesia.
En octubre de 2017, las autoridades clausuraron un centro educativo musulmán privado, el Colegio Islámico de Educación Secundaria Diaa, provocando un alud de protestas sin precedentes en la capital. El director, Hayi Musa Mohamed Nur, y algunos de sus colegas fueron arrestados por oponerse al cierre; el director murió en la cárcel en marzo de 2018. Posteriormente permitieron que el colegio reabriera.
En el verano de 2019, fueron arrestados unos 150 cristianos a causa de su fe; a los primeros 70 el 23 de junio de 2019 en Keren. Además de esos 150, presentaron a muchos otros ante el juez para que renunciaran a su fe, más concretamente, para que «renunciaran a Cristo».
En abril de 2020, detuvieron a 15 cristianos en la región de Asmara cuando asistían a un servicio religioso en una vivienda particular. Fueron encarcelados en la prisión de Mai Serwa, de triste fama por sus inhumanas condiciones. En junio de 2020, detuvieron a un grupo de 30 cristianos en la boda de una pareja cristiana.
En unas declaraciones pronunciadas en abril de 2020, Daniela Kravetz, relatora especial de Naciones Unidas para los derechos humanos en Eritrea, informó de que solo en 2019 habían sido encarceladas unas 200 personas a causa de su fe.
A pesar de ser una de las cuatro comunidades registradas, la Iglesia católica también está sometida a gran presión y sufre ataques frecuentes. A mediados de junio de 2019, el ejército eritreo clausuró a la fuerza más de 20 centros de salud católicos. Según testigos locales, las autoridades rompieron puertas y ventanas y hostigaron al personal y a los pacientes. Arrestaron a una hermana franciscana, directora de un hospital del norte de Eritrea, por resistirse al cierre.
En septiembre de 2019, las autoridades cerraron ocho colegios, entre ellos el famoso Colegio Católico de San José de la ciudad de Keren. Ese mismo mes, la Conferencia Episcopal católica escribió una carta al ministro de Educación, Semere Re’esom, protestando contra el cierre de colegios católicos, en la que preguntaba: «Si esto no es odio a la religión, ¿qué es?»
Las autoridades han explicado que el cierre de colegios cristianos y musulmanes responde a las normas adoptadas en 1995 que limitan las actividades de las organizaciones religiosas. Los observadores sugieren que el cierre de clínicas y colegios es un indicio de que el Gobierno está intentando controlar el sector social.
En febrero de 2020, el Gobierno negó la entrada en el país a una delegación de la Iglesia católica.
Aunque está garantizada en la Constitución, el Gobierno autoritario de Eritrea no permite la libertad de creencia religiosa y el país sufre los peores indicadores de libertad religiosa del mundo. Las autoridades niegan a la mayor parte de los eritreos sus derechos civiles y políticos; a consecuencia de ello, miles de personas tratan de emigrar del país. La normalización en el país de medidas enérgicas y de detenciones arbitrarias de los miembros de los grupos religiosos no reconocidos por parte de las autoridades y las crecientes restricciones a los grupos autorizados, como atestigua la reciente clausura de colegios y centros de salud católicos, ponen de manifiesto que la situación actual de la libertad de religión es sombría y no parece probable que vaya a mejorar en un futuro cercano.
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