Yibuti es una «república democrática, soberana, una e indivisible», y todos sus ciudadanos son iguales, «sin distinción de lengua, origen, raza sexo o religión» (artículo 1). Sin embargo, la religión mayoritaria, el islam, representa un papel clave en la sociedad yibutiana, tal y como manifiestan los cambios relativos a su estatus que han sido introducidos en la propia Constitución. En la versión de 1992, se reconocía el islam con religión del Estado en el preámbulo; posteriormente, se le concedió preeminencia pasando a ser el artículo 1 en la edición modificada de 2010. De hecho, el jefe del Estado pronuncia un juramento islámico al asumir el poder.
Conforme al artículo 6 de ambas versiones de la Constitución, está prohibido que los partidos políticos «se identifiquen con una raza, etnia, sexo, religión, secta, idioma o región». El artículo 11 garantiza que toda persona tiene «derecho a la libertad de pensamiento, conciencia, religión, culto y de opinión», derechos que están sujetos «al orden establecido por las leyes y reglamentos».
La Constitución no prohíbe explícitamente el proselitismo, pero no puede llevarse a cabo en público. Las leyes no penalizan a quien no cumple las normas islámicas o profesa otra religión. Según Cáritas, no se permite a la Iglesia católica evangelizar en el país, pero sí realizar actividades de proyección social.
Un decreto aprobado en 2014 confiere al Ministerio de Asuntos Islámicos amplios poderes sobre las mezquitas del país y el contenido de las oraciones públicas. Su autoridad alcanza a todos los asuntos islámicos, desde las mezquitas y los colegios privados confesionales (sobre los que también tiene jurisdicción el Ministerio de Educación), a los actos religiosos. Los imanes son funcionarios públicos empleados por el Ministerio. El Gobierno pretende así evitar que se lleven a cabo actividades políticas en las mezquitas, a la vez que permite a las autoridades vigilar sus actividades y limitar la influencia extranjera. Desde que entró en vigor este decreto, casi todas las mezquitas han acabado teniendo un imán designado por el Gobierno. El sistema de educación público es laico, pero hay unos 40 colegios privados islámicos.
Independientemente de si son locales o extranjeros, los grupos religiosos no musulmanes están obligados a registrarse ante las autoridades. El Ministerio del Interior verifica las solicitudes y no se garantizan licencias provisionales mientras se espera el resultado de dicha confirmación. En cambio, a los grupos musulmanes solo se les exige notificar su existencia al Ministerio de Asuntos Islámicos y Culturales. No se les obliga a registrarse ni están sujetos a verificación por parte del Ministerio del Interior. Los grupos extranjeros, tanto musulmanes como de otras confesiones, necesitan además una licencia del Ministerio de Asuntos Exteriores antes de empezar a operar en Yibuti.
Los musulmanes pueden elegir entre los tribunales de familia o los civiles para resolver las cuestiones relacionadas con el matrimonio, el divorcio y las herencias. Los tribunales de familia contienen elementos de las leyes civiles e islámicas. En el caso de no musulmanes, este tipo de cuestiones solamente se remiten a los tribunales civiles. Para ellos, los asuntos de familia también están gobernados por los tribunales civiles estatales; por ejemplo, el matrimonio civil es reconocido por estos tribunales igualmente a los locales que a los extranjeros. El Gobierno reconoce el matrimonio religioso de un no musulmán cuando se presenta un documento expedido por la organización que lo celebra.
En mayo de 2019, el presidente Ismail Omar Guelleh autorizó un tratamiento médico al jeque Abdul Qadir Mumin, imán vinculado con el Estado Islámico (Dáesh) de Somalia.
En noviembre del año pasado se inauguró la mezquita más grande del país, la Mezquita Abdul Hamid II, sufragada por el Directorio de Asuntos Religiosos de Turquía. El Gobierno también permitió la construcción de un segundo cementerio cristiano en las afueras de la ciudad de Yibuti.
A diferencia de los años anteriores, las autoridades no han sancionado a los imanes extremistas durante este período.
Por primera vez, el Ministerio de Educación ha permitido que los refugiados celebren sus días sagrados durante el calendario escolar regular; normalmente, los colegios del país solo celebran los días festivos islámicos. El Ministerio también ha fomentado la inclusión religiosa realizando modificaciones en los planes de estudio escolares.
A diferencia de años anteriores, el Gobierno ha empezado a exigir a los misioneros extranjeros «regularizar su situación mediante la adquisición de una tarjeta de residencia que cuesta 24 000 francos yibutíes (140 dólares estadounidenses)», además de presentar pruebas de pertenencia a un grupo religioso registrado.
Las comunidades cristianas siguen denunciando que las personas que se convierten al cristianismo afrontan discriminación en los ámbitos educativo y laboral, mientras los líderes religiosos musulmanes observan que las redes sociales tradicionales normalmente «marginan a los conversos que abandonan el islam». En la escuela pública no se imparte religión.
La situación estratégica de Yibuti hace de ella un emplazamiento adecuado para las bases militares extranjeras, entre ellas las de Estados Unidos, Francia, Italia y China, además de tropas procedentes de España y Alemania. Esta presencia militar extranjera sirve para contrarrestar el extremismo violento en la zona, especialmente el del grupo terrorista somalí Al Shabab. Sin embargo, su localización también la convierte en destino de refugiados que huyen de los conflictos violentos de la zona. Esto provoca problemas cuando los refugiados no se integran bien. Es una cuestión especialmente preocupante en un país con un elevado nivel de desempleo.
Independiente desde 1977, esta antigua colonia francesa sigue sufriendo tensiones entre sus principales grupos étnicos: los issa, que son mayoría, y los afar, a la vez que también sigue creciendo el extremismo islámico. Las relaciones entre los musulmanes y los cristianos se han ido deteriorando en los últimos años en detrimento del diálogo interreligioso. Últimamente, el país está sufriendo la llegada de numerosos refugiados, especialmente desde Yemen. Yibuti representa hoy un importante papel geoestratégico, ya que China está construyendo su primera base en ultramar. También Arabia Saudí ha ampliado su influencia en el país.
Es probable que Yibuti constituya un objetivo de Al Shabab debido a su participación en la Misión de la Unión Africana en Somalia (AMISOM). Al Shabab ya había proferido anteriormente amenazas públicas contra el país. El futuro es incierto y, por lo tanto, también el futuro de la libertad religiosa en Yibuti.