La Constitución de Burundi de 2018 garantiza el derecho a la libertad de expresión, religión, pensamiento, conciencia y opinión (artículo 31), así como los derechos de reunión y asociación, y de fundar organizaciones conforme a la ley (artículo 32). Todos los burundeses son iguales «en valor y dignidad», tienen «los mismos derechos y […] protección por parte de la ley», y no se puede «excluir de la vida social, política o económica a causa de su raza, lengua, religión, sexo u origen étnico» a ninguno (artículo 13).
El marco legal relativo a la libertad religiosa se basa en las mismas leyes que regulan las asociaciones sin ánimo de lucro (registro y funcionamiento), especificando que todos los grupos religiosos se tienen que inscribir en el Registro del Ministerio del Interior, presentando sus estatutos y una lista con el nombre y la información personal de los miembros del órgano directivo. Una vez que reciben la aprobación del Ministerio, pueden llevar a cabo sus actividades libremente.
Burundi es un país predominantemente cristiano. Hay una minoría musulmana, mayoritariamente suní, concentrada en zonas urbanas.
Durante el período estudiado, Burundi ha seguido sufriendo la crisis política y social que estalló a mediados de 2015 cuando el presidente Pierre Nkurunziza decidió intentar ser reelegido por tercera vez. Aunque es cierto que los derechos políticos del país se encuentran en una situación terrible, no se está produciendo una conculcación sistemática de las libertades religiosas, si bien sí se han producido algunos casos de violencia grave en relación con la libertad de práctica.
Durante la campaña electoral de las últimas elecciones a principios de 2020, se instrumentalizó la religión con fines políticos. El presidente Nkurunziza utilizaba una oratoria de carácter religioso hasta el punto de afirmar que se apoyaba en Dios para tomar decisiones. Con anterioridad, ya había manifestado que Dios le eligió para gobernar Burundi. En 2017, el Gobierno lanzó una campaña para fomentar la «moralización de la sociedad (burundesa)», animando a casarse a las parejas que convivían sin haber formalizado el matrimonio. En marzo de 2018, el partido en el Gobierno, el CNDD-FDD, llegó a otorgar al presidente el título de «guía supremo eterno». El presidente Nkurunziza murió en 2020, aparentemente de la COVID-19.
En el seno de la sociedad, los líderes religiosos de los distintos credos han intentado mejorar las relaciones interreligiosas, aunque a veces han surgido tensiones entre ellos a causa de las diferencias políticas. En 2018, las Iglesias católica y protestante participaron junto con la comunidad islámica en unas sesiones de diálogo auspiciadas por organizaciones no gubernamentales locales e internacionales. En noviembre de 2018, la Iglesia católica de Burundi organizó un taller al que asistieron 47 líderes religiosos de distintas confesiones. El objetivo de la reunión era dar un impulso a la capacidad que tienen las comunidades religiosas para comprometerse en la resolución de conflictos y la convivencia pacífica.
En abril de 2018, unos 2500 seguidores de Eusébie Ngendakumana, líder de la secta religiosa conocida como Zebiya, regresaron a Burundi después de haber pedido asilo primero en la República Democrática del Congo y después en Ruanda. El grupo había abandonado el país en 2013 después de haberse enfrentado a las fuerzas de seguridad del Estado y de que algunos de sus miembros hubieran sido procesados. Las autoridades afirmaban que este grupo no contaba con una acreditación apropiada, por lo que clausuraron el santuario que tenían en la provincia de Kayanza. En los países vecinos fueron arrestados unos 30 miembros de la secta por no someterse a los requisitos de salud (vacunación) y de registro biométrico del Alto Comisionado de Naciones Unidas para los Refugiados (ACNUR). Esto hizo que en abril de 2018 decidieran regresar a Burundi. A su llegada, el Gobierno les proporcionó medios de transporte para que retornasen a sus lugares de origen. El grupo sigue viviendo en un limbo legal y el santuario de Kayanza aún sigue clausurado.
En este período, se ha denunciado violencia vinculada con la brujería. Con frecuencia, se trata de acusaciones oportunistas que están relacionadas con disputas personales o conflictos por las tierras. El 25 de octubre de 2018, en la provincia de Cibitoke, prendieron fuego a la vivienda de un hombre al que acusaban de brujería. En otro incidente acaecido el 5 de noviembre de 2018, otro hombre acusado de brujería apareció decapitado.
En 2019 oficialmente no se registró ninguna violación de la libertad religiosa. Las relaciones entre las organizaciones religiosas internacionales y las autoridades parecen ser estables. Sin embargo, los líderes religiosos locales han denunciado que la inestabilidad política amenaza la convivencia pacífica de los distintos grupos religiosos del país.
Durante las elecciones de mayo de 2020 a la presidencia, el Parlamento y los gobiernos locales, la Iglesia católica desplegó un total de 2716 observadores que han constatado algunas irregularidades, además de falta de transparencia e imparcialidad. El 20 de mayo de 2020, Evariste Ndayishimiye ganó las elecciones presidenciales. El partido de la oposición CNL denunció que se había planificado el fraude electoral con antelación. Entre las irregularidades observadas por la Iglesia, se menciona que algunos funcionarios intimidaban a los agentes electorales presionándolos para que firmasen hojas de registro antes de proceder al recuento de los votos.
A pesar del declive de la situación política y social, en Burundi se respeta el derecho a la libertad religiosa. No se han registrado restricciones a la religión. De hecho, hay motivos de esperanza porque los líderes religiosos están trabajando para promover el diálogo entre las confesiones y fomentar la convivencia pacífica y la resolución de conflictos. Las congregaciones religiosas católicas femeninas han realizado llamamientos especiales que también están impulsando el diálogo interreligioso en el país.
La paz y la unidad fueron los principales temas tratados en un mensaje dirigido por los obispos católicos a todo el país en el que lamentaban la muerte del anterior presidente, Pierre Nkurunziza, que falleció repentinamente el 8 de junio de 2020.
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