La Constitución de la República de Botsuana de 1966, modificada en 1994 y 1997, garantiza la «libertad de conciencia», en la que se incluyen «la libertad de pensamiento y religión, la de cambiar de religión o creencias y la libertad de manifestar y difundir, individual o colectivamente, en público o en privado, la propia religión o creencias por medio del culto, la enseñanza, la práctica y la observancia» (artículo 11, sección 1). En la sección 2 añade: «Toda comunidad religiosa tiene el derecho de fundar y mantener, a sus propias expensas, centros de educación y de gestionar cualquier institución educativa que mantenga de forma exclusiva; y no se impedirá a ninguna comunidad de esta índole impartir una enseñanza religiosa a sus miembros como parte de la educación ofrecida en los centros educativos que mantenga de forma exclusiva o como parte de la educación que ofrezca de otro modo». Finalmente, establece que «no se exigirá a ninguno de los que asisten a un centro educativo recibir formación religiosa sin su consentimiento personal (o el de su tutor en el caso de los menores de edad), ni participar o estar presente en ninguna ceremonia o culto si esa ceremonia o culto pertenece a una religión que no sea la propia» (artículo 11, sección 3).
Los grupos religiosos se tienen que inscribir en el Registro de Sociedades del Ministerio de Trabajo e Interior, pero normalmente se trata de un proceso sencillo que solo lleva unos meses. El registro conlleva una serie de beneficios legales; por ejemplo, los grupos religiosos no registrados no pueden firmar contratos, hacer negocios ni abrir cuentas bancarias. El número mínimo de miembros con los que deben contar los grupos religiosos nuevos para poder registrarse asciende a 150.
El Gobierno observa las siguientes festividades religiosas como vacaciones nacionales: Viernes Santo, Lunes de Pascua, el día de la Ascensión y el día de Navidad. Aunque el país solo reconoce las festividades cristianas, se permite a los miembros de otros grupos religiosos observar sus fiestas sin que el Gobierno intervenga.
Botsuana es un país predominantemente cristiano, aunque alberga importantes minorías religiosas, entre ellas bahaíes, musulmanes (fundamentalmente originarios del Sur de Asia) e hindúes, que suelen ser trabajadores extranjeros inmigrantes. Un porcentaje cada vez mayor de la población nominalmente cristiana parece no profesar ninguna creencia religiosa. El Gobierno reconoce el pluralismo religioso y fomenta el diálogo y la cooperación entre los distintos grupos religiosos.
Durante el período estudiado en este informe no se han producido incidentes entre grupos religiosos ni actos de intolerancia, discriminación o persecución contra ninguna comunidad. En julio de 2018, el presidente del Gobierno botsuano, Mokgweetsi Masisi, anunció que se concederían visados de larga duración a los misioneros de la Iglesia de Jesucristo; anteriormente solo se les concedían visados para períodos breves.
El 10 de enero de 2018 se denegó la solicitud de registro de la Enlightened Christian Gathering Church International (Iglesia Internacional del Encuentro de Cristianos Iluminados) después de que el Gobierno declarase que dicha Iglesia no había respondido a una comunicación oficial en la que solicitaba a sus líderes una explicación del uso dado al «dinero milagroso», considerado ilegal por parte de las autoridades del Estado. Actualmente la Iglesia ya ha iniciado el proceso para volverse a registrar. El pastor Bushiri, líder religioso de esta Iglesia conocido en Sudáfrica por su forma de predicar y por sus falsos milagros, está acusado de fraude y de blanqueo de capitales. En noviembre de 2019 se elevó este caso al Alto Tribunal de Gauteng, con sede en Pretoria, para que sea juzgado allí.
Botsuana es uno de los pocos países africanos que disfrutan de una democracia consolidada. Cuenta con una fuerte tradición de Estado de derecho y respeto a los derechos humanos fundamentales, entre ellos la libertad religiosa. Sin embargo, tiene un coeficiente de Gini de 53,3, lo que significa que se trata de una de las sociedades con mayor desigualdad del mundo.
A pesar de esto, continúa el respeto a las minorías religiosas y las relaciones pacíficas entre los distintos grupos religiosos. El caso de la Enlightened Christian Gathering Church parece ser fundamentalmente un caso de fraude y de la aplicación de la ley. Teniendo en cuenta su trayectoria, lo más probable es que el país continúe en la senda de la estabilidad.
El Consejo Africano de Líderes Religiosos ha propuesto la creación de un comité ad hoc, el Consejo Interreligioso de Botsuana, pero aún no está funcionando. Es frecuente que las Iglesias difundan comunicados de prensa y declaraciones de forma conjunta, ya que están unidas y colaboran entre ellas.
Durante la pandemia de la COVID-19, la Iglesia católica, sobre todo las Misioneras Hijas del Calvario, se ha dedicado a proporcionar mascarillas a la población. No hay indicios de que se hayan producido tensiones entre las comunidades durante el confinamiento.