Laut Verfassung ist Dschibuti eine „demokratische, souveräne, vereinte und unteilbare Republik“, in der alle Bürger gleich sind, ungeachtet von „Sprache, Herkunft, ethnischer Zugehörigkeit, Geschlecht oder Religion“ (Artikel 1). Die Mehrheitsreligion, der Islam, spielt jedoch eine hervorgehobene Rolle im Land, was auch durch die jüngste Verfassungsänderung deutlich wird. In der Verfassung von 1992 stand lediglich in der Präambel „Der Islam ist die Staatsreligion“. Mit der Revision von 2010 wanderte diese Aussage in Artikel 1 der Verfassung und erhielt damit eine rechtlich größere Bedeutung.
Artikel 6 der Verfassung untersagt es politischen Parteien, sich „mit einer Ethnie, einem Geschlecht, einer Religion, Sekte, Sprache oder Region zu identifizieren“. Artikel 11 garantiert zudem jedem Menschen „das Recht auf Gedanken-, Gewissens-, Religions-, Kultus- und Meinungsfreiheit sowie die Achtung der durch Gesetz und Vorschriften festgelegten Ordnung“.
Missionierung ist von der Verfassung nicht ausdrücklich verboten, öffentliche Missionierung hingegen untersagt. Auch ist laut Gesetz keine Bestrafung für Personen vorgesehen, die sich nicht an islamische Regeln halten oder sich zu einer anderen Religion bekennen. Nach Angaben der Caritas ist es der Katholischen Kirche untersagt, im Land zu evangelisieren. Die Durchführung sozialer Aktivitäten ist dagegen möglich.
Mit einem 2014 verabschiedeten Gesetz erhielt das „Ministerium für Islamische Angelegenheiten“ weitreichende Befugnisse über die Moscheen des Landes sowie über die Inhalte öffentlicher Gebete. Alle islamischen Angelegenheiten fallen unter die Aufsicht dieses Ministeriums. Seine Zuständigkeit reicht von Moscheen über private konfessionelle Schulen (für die im gleichen Maße das Bildungsministerium zuständig ist) bis hin zu religiösen Veranstaltungen. Imame sind als Beamte offiziell beim Ministerium angestellt. Damit sollen politische Aktivitäten in Moscheen verhindert, die Aktivitäten überwacht und ausländische Einflüsse begrenzt werden. Seit Inkrafttreten des Gesetzes haben fast alle Moscheen einen von der Regierung ernannten Imam bekommen. Das öffentliche Bildungssystem ist säkular, es existieren allerdings ca. 40 private islamische Schulen. In staatlichen Schulen gibt es keinen Religionsunterricht.
Nicht-muslimische Religionsgemeinschaften müssen sich in Dschibuti behördlich registrieren lassen, unabhängig davon, ob sie aus dem In- oder Ausland kommen. Die Anträge auf Registrierung werden vom Innenministerium geprüft und während dieser Prüfung werden keine vorläufigen Genehmigungen erteilt. Muslimische Gruppen sind im Unterschied dazu lediglich verpflichtet, das Ministerium für religiöse und kulturelle Angelegenheiten über ihre Existenz zu informieren. Sie sind weder meldepflichtig, noch unterliegen sie einer Überprüfung durch das Innenministerium. Ausländische religiöse Gruppierungen, sowohl muslimische als auch nicht-muslimische, müssen außerdem die Genehmigung des Außenministeriums einholen, bevor sie in Dschibuti tätig werden dürfen.
Das Staatsoberhaupt von Dschibuti leistet einen islamischen Amtseid.
In Ehe-, Scheidungs- oder Erbschaftsangelegenheiten können sich Muslime an Familiengerichte oder Zivilgerichte wenden. Vor Familiengerichten kommen sowohl Elemente aus dem Zivilrecht als auch aus dem islamischen Recht zur Anwendung. Für Nichtmuslime fallen solche Angelegenheiten ausschließlich in die Zuständigkeit von Zivilgerichten. Zivile Ehen werden von diesen Gerichten sowohl für Einheimische als auch für Ausländer geschlossen. Die Regierung erkennt nicht-muslimische religiöse Ehen an, wenn ein offizielles Dokument der eheschließenden Organisation vorgelegt wird.
Im Mai 2019 autorisierte Präsident Ismail Omar Guelleh die medizinische Behandlung von Scheich Abdulqadir Mumim, einem Imam, der in Somalia mit dem Islamischen Staat (Daesh) assoziiert ist.
Im November 2019 wurde die größte Moschee des Landes eröffnet. Die Abdulhamid II. Moschee war vom türkischen Präsidium für Religionsangelegenheiten finanziert worden. Die Regierung genehmigte außerdem den Bau eines zweiten christlichen Friedhofs in unmittelbarer Nähe von Dschibuti-Stadt.
Im Unterschied zu den vorhergehenden Jahren sprachen die Behörden während dieses Berichtszeitraums keine Strafen gegen extremistische Imame aus.
Zum ersten Mal erlaubte das Bildungsministerium Flüchtlingen, ihre religiösen Feiertage während des regulären Schuljahres zu begehen. Normalerweise werden an Dschibutis Schulen nur islamische Feiertage begangen. Das Ministerium nahm außerdem Veränderungen an den Lehrplänen vor, die nun die religiöse Inklusion fördern.
Im Gegensatz zu den Vorjahren verlangt die Regierung von ausländischen Missionaren neuerdings, „ihren Status durch den Erwerb eines Aufenthaltstitels zum Preis von 24.000 Dschibuti Franc (USD 140) zu regeln“. Außerdem muss ein Nachweis über die Zugehörigkeit zu einer registrierten religiösen Gruppe erbracht werden.
Christliche Gemeinschaften berichten, dass immer noch Menschen, die zum Christentum konvertieren, Diskriminierung in Bildung und Beruf ausgesetzt sind. Muslimische Religionsführer bestätigen, dass in traditionellen sozialen Netzwerken die Konversion vom Islam zu einer anderen Religion in der Regel geächtet wird.
Aufgrund von Dschibutis strategisch günstiger geographischer Lage haben einige Staaten Militärbasen im Land errichtet. So zum Beispiel die USA, Frankreich und Italien. Auch spanische und deutsche Truppen sind im Land stationiert und China unterhält ebenfalls eine feste Militärbasis. Saudi-Arabien baut seinen Einfluss im Land aus. Die Präsenz der ausländischen Truppen dient vor allem der Bekämpfung des militanten Extremismus in der Region, insbesondere der somalischen al-Shabaab Miliz. Da Dschibuti an der Mission der Afrikanischen Union in Somalia (AMISOM) teilnimmt, hat al-Shabaab dem Land öffentlich gedroht. Aufgrund seiner geografischen Lage ist Dschibuti auch Zufluchtsort für Flüchtlinge, die vor Gewalt und Konflikten in der Region fliehen. Die meisten von ihnen stammen aus dem Jemen. Die Integration dieser Flüchtlinge stellt das Land vor große Probleme. Die hohe Arbeitslosigkeit ist dabei ein zusätzlicher Unsicherheitsfaktor.
Es kommt immer noch zu Spannungen zwischen ethnischen Gruppen, insbesondere zwischen der größten Bevölkerungsgruppe, den Issa, und den Afar. Der islamische Extremismus wächst ebenfalls. Die Beziehungen zwischen Muslimen und Christen haben sich in den vergangenen Jahren verschlechtert, was den interreligiösen Dialog erschwert.
Die Zukunft des Landes sowie die weitere Entwicklung der Religionsfreiheit in Dschibuti sind ungewiss.
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